InTraSeq™ 单细胞分析概述

本页面深入概述了 InTraSeq 技术、它如何增强您的单细胞分析研究以及提供的产品。

使用以下链接跳转到您感兴趣的主题。

单细胞测序新视界：揭秘您未曾触及的分析维度

InTraSeq 单细胞分析特点和优势

优化您的单细胞分析研究

InTraSeq 单细胞分析产品

技术支持

单细胞测序新视界：揭秘您未曾触及的分析维度

^{使用 InTraSeq 细胞内和信号转导通路抗体分析分离的 CD4+ 和 CD8+ 细胞，以识别仅使用 RNA 难以研究的细胞状态。InTraSeq 检测通过测量单细胞中的 PTM 和细胞内蛋白质水平，深入揭示细胞亚群的特征，从而提供对疾病发展机制的更深层次理解。}

细胞内蛋白质和转录组测序 (InTraSeq) 是 CST 开发的一种单细胞分析技术，可以在单个实验中识别信号转导通路并揭示疾病发展中的分子机制。它能够同时检测数千个细胞中的 RNA 以及细胞内和表面蛋白质，使研究人员能够在单细胞分辨率下研究信号转导通路与转录组。

InTraSeq 通过以下方式促进对细胞生物学的更深入了解：

• 揭示传统单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 方法无法揭示的生物学见解
• 强调单细胞数据集中转录和翻译之间的动态
• 通过量化单细胞水平的翻译后修饰来解析细胞信号转导机制

InTraSeq 3’ 技术由 CST 开发和验证，采用带有特征条形码技术的 10x Genomics Chromium Single Cell 3' Reagent 试剂盒。

A) 目前大多数单细胞分析技术可检测 RNA 并使用条形码抗体测量表面蛋白以进行表型分析。B) 许多人尝试开发检测细胞内蛋白质的方法，但这些方法通常会导致严重的 RNA 丢失和降解。C) InTraSeq™ 单细胞分析可检测 RNA 以及细胞内和表面蛋白，同时保留 RNA 的完整性。

目前大多数可用的单细胞分析技术仅限于对样本进行表型分析，因为它们只能识别 RNA 以及偶尔的表面标志表达水平。此外，其他技术无法确定和测量在疾病状态下或药物扰动时激活的重要信号级联。通过将转录组、蛋白质和翻译后修饰定量结合到单个检测中，InTraSeq 技术超越了表型分析，剖析了区分细胞差异的细胞机制——所有这些都在一次实验中完成。借助 InTraSeq 技术，科学家可以轻松探索多种信号转导通路以及基因表达变化，以有效识别生理反应背后的关键分子机制并辨别下游蛋白质修饰。

细胞内蛋白质和翻译后修饰的单细胞分析 (SCA)

单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 通常用于确定细胞对药理和环境扰动的反应。然而，蛋白质表达水平通常与 RNA 表达并不直接相关，从而导致对复杂生理系统的理解存在不足。确定单细胞蛋白质表达和翻译后修饰与单细胞基因表达的差异，可以为通路激活提供更深层次的功能性见解，而这些见解仅通过 scRNA-seq 是无法获得的。

翻译后修饰 (PTM) 可以改变蛋白质活性、寿命和表达水平。了解基因表达和蛋白质活性之间的相互作用，对于确定复杂生物系统的潜在细胞异质性和功能状态至关重要。InTraSeq 3' Conjugate Antibody Cocktail 采用 31 种我们最受欢迎的抗体配制而成，可与人和小鼠靶标结合，包括 PTM。科学家可以在一次测定中轻松、无偏差地量化数十种关键信号转导蛋白。

单细胞 PTM 和 mRNA 的联合定量

许多细胞可以表现出相似的 RNA 表达水平，但有些细胞在蛋白质的最终表达以及随后的修饰方面可能有所不同，从而调节药理或环境扰动后的活性。对 RNA、蛋白质和翻译后修饰的共同量化有助于更彻底地理解 RNA 表达本身无法阐明的复杂生理相互作用。

RNA 并不一定与蛋白质水平相关

使用 InTraSeq 对 mRNA 和细胞蛋白质进行共同定量，揭示了 mRNA 和蛋白质的表达水平存在差异，且这两个值通常并不相关联。

InTraSeq 单细胞分析特点和优势

通过简化的工作流程减少实际操作时间

一个简单的四步骤实验

InTraSeq^™ 3’ Assay Kit 经过优化，可以通过简单的实验步骤提供强大的 mRNA 和蛋白质信号，并且只需很少的动手操作时间。两个便捷的停顿点允许在实验过程中灵活操作，并且样本可以储存长达七天，从而提供了最大的工作流程灵活性。

InTraSeq 实验步骤需要大约一小时的动手操作时间，并包括多个停顿点，使得在进行单细胞实验时可以最大限度地灵活安排时间。固定步骤后，样本可以存储长达七天，而不会损害 RNA 的完整性。与目前可用的单细胞分析实验步骤不同，InTraSeq 提供的便利性消除了协调工作人员和设备进行长时间单日实验操作的需求。样本可以存储更长时间的能力还可以促进高通量应用，因为这样可以在连续几天内执行大量样本和单细胞处理实验步骤，而不会影响质量。

简单的免疫染色实验步骤包括以下步骤：

步骤 1：将细胞固定过夜。

• 实际操作耗时约 5 分钟
• 细胞可以在冰箱中储存长达七天。

步骤 2：用 scBlock 孵育。

• 实际操作耗时约 10 分钟
• 此步骤经过优化，可获得 RNA 和蛋白质的高质量单细胞读数。

步骤 3：添加 CST^® InTraSeq^™ 3’ Conjugate Antibody Cocktail，孵育过夜。

• 实际操作耗时约 5 分钟

步骤 4：清洗细胞。

• 实际操作耗时约 20 分钟
• 此时，细胞已准备好用于单细胞 10x Genomics 3’ 实验。

研究细胞内蛋白质信号转导，同时保证稳定的 RNA 信号

在单细胞多组学实验中，保持 RNA 完整性一直是一个持续而重大的挑战。许多单细胞分析利用刺激性化学物质破坏膜，从而导致 RNA 降解和丢失。InTraSeq 试剂经过严格优化，可以温和地通透细胞和核膜。这使得结合抗体能够进入细胞并与其目标结合，同时在整个检测过程中保持 RNA 水平。这使得 RNA 和蛋白质的表达能够准确定量。

与活细胞对照相比，InTraSeq 保留了样本中的转录本丰度

^{在活细胞和使用 InTraSeq 制备的 PMBC 样本中，对平均基因表达进行了量化。InTraSeq 试剂能够在 PBMC 等难以处理的样本中有效保留活细胞的基因特征，同时最大程度地减少 mRNA 的损失。}

利用无偏覆盖深度识别难以检测的细胞

InTraSeq 单细胞分析技术的强大之处在于能够检测和量化细胞内和表面蛋白质，并结合单细胞基因表达，以有效区分异质细胞群体。与仅检测细胞表面蛋白的 CITE-Seq 相比，InTraSeq 为科学家提供了无偏见地研究复杂的细胞内信号转导通路的工具。

InTraSeq 方法保留了细胞异质性

UMAP 显示来自同一供体的 PBMC 在采用 InTraSeq 实验步骤处理前后的细胞类型分布情况。分割的 UMAP 显示，各种细胞类型的比例相似，并且没有受到 InTraSeq 实验步骤处理的影响。

在一次实验中探索多种分子机制

结合 CST 在细胞内信号转导和翻译后修饰抗体方面的专业知识，InTraSeq 技术使研究人员能够研究和量化复杂的细胞内、细胞核和表面蛋白质相互作用以及基因表达。同时测量转录组学变化和蛋白质表达（包括翻译后修饰）可以生成更全面的数据集，以其他检测方法无法实现的方式丰富对复杂信号转导系统的认识，并加深我们对疾病机制的理解。

使用单细胞胞内蛋白质读数识别 CD4+ 和 CD8+ 细胞内的细胞状态

^{使用 InTraSeq 细胞内和信号转导通路抗体分析分离的 CD4+ 和 CD8+ 细胞，以识别仅使用 RNA 难以研究的细胞状态。InTraSeq 检测通过测量单细胞中的 PTM 和细胞内蛋白质水平，深入揭示细胞亚群的特征，从而提供对疾病发展机制的更深层次理解。}

在 InTraSeq 3' Conjugate Antibody Cocktail 的 31 种经过验证的抗体中，有 2 种靶向表面蛋白，另外 29 种靶向细胞内蛋白，包括 PTM。抗体混合物旨在对免疫学和癌症研究中常见的信号转导通路上的蛋白质进行无偏定量，提供准确可靠的数据集。

^{用 LPS 刺激 PBMC，并使用 InTraSeq™ Assay Kit 进行处理，用 scRNA-seq 和 InTraSeq™ 3' Conjugate Antibody Cocktail 对 RNA、总蛋白和 PTM 进行定量。热图显示了刺激前后 Stat3 和 MAPK 的 PTM 水平，以及哪些 RNA 和蛋白质与磷酸化水平的变化相关。}

优化您的单细胞分析研究

在启动一个项目时，InTraSeq 可以成为一个独特且强大的筛选工具。它通过提供一种公正的方法来判断哪条信号转导通路受到干扰，并有助于确定关注点，从而使研究人员能够了解特定的遗传表型。

由于 PTM 反应先于 mRNA 发生，因此 InTraSeq 还可以测量短时间内（< 20 分钟）发生的急性细胞扰动。这些急性反应在单细胞的 RNA 中是无法单独观察到的，这突显了 InTraSeq 技术的重要性和独特性。

使用细胞内蛋白质提高样品多重分析的准确度

在单细胞分析中，样品多重分析是一种在单细胞实验之前使用表面蛋白或细胞内蛋白单独标记多个样品的技术。这既节省了成本和时间，因为它最大限度地减少了单细胞 RNA-seq 实验次数，也提高了实验通量。它还降低了批次可变性，以生成可重现的数据。

组蛋白 H3 是一种普遍表达的核蛋白，在 InTraSeq 样品中被利用，以生成简化的多重分析实验步骤，其特异性高于表面多重分析，并促进去多重分析过程，如图 1 所示。

图 1. 对比竞争产品表面蛋白和 CST 细胞内蛋白多重标记的 InTraSeq 样本。

A) 均匀流形逼近与投影显示带注释的样本 1 和样本 2 细胞簇。B) 使用表面哈希抗体标记的表面蛋白表达水平特征图。在未标记的样本 2 中观察到非特异性信号。 C) 组蛋白 H3 (D1H2) XP® 兔单克隆抗体（InTraSeq™ 3' 偶联物 3048）蛋白表达水平特征图。与预期一致，该信号对样本 1 具有特异性。

小提琴图显示了样本 2 中的表面蛋白表达，分别显示未进行多重标记（左图）和使用表达信号对样本 1 具有特异性的 Histone H3 (D1H2) XP^® Rabbit mAb (InTraSeq^™ 3’ Conjugate 3048) 进行多重标记（右图）的情况。

通过单细胞分辨率识别 CAR 表达细胞

嵌合抗原受体 (CAR) T 细胞疗法已在利用身体免疫系统指导抗肿瘤应答方面展现出了巨大前景。高度特异的抗 CAR 接头抗体能够监测几乎任何基于 scFv 的 CAR 的表面表达，这些 CAR 通常包含重复的 G4S 或 Whitlow/218 接头序列。

用于单细胞分析的 Whitlow/218 Linker (E3U7Q) Rabbit mAb (InTraSeq^™ 3’ Conjugates 3053) 可以在单细胞分辨率下识别 CAR 表达细胞，同时揭示多种信号转导通路，以揭露潜在的生物学机制。

未转导的 T 细胞或经含有 Whitlow/218 Linker 的基于 scFv 的抗 B 细胞成熟抗原 (BCMA) (C11D5.3) CAR 转导的 T 细胞均按照 InTraSeq^™ 3' 实验步骤进行处理。A) 带注释的细胞簇的 UMAP。B) Whitlow/218 Linker (E3U7Q) Rabbit mAb (InTraSeq^™ 3' Conjugate 3053) #50265 表达。C) 使用{URL/Link} Whitlow/218 Linker (E3U7Q) Rabbit mAb (Alexa Fluor^® 647 Conjugate) #69310 对未转导的 T 细胞或经含有 Whitlow/218 接头的基于 scFv 的抗 BCMA (C11D5.3) CAR 转导的 T 细胞进行交叉验证流式细胞分析。

请访问 CAR 工程化细胞表征解决方案，了解有关 CST CAR 接头抗体、试剂盒和服务的更多信息。

凭借经 CST 验证的 InTraSeq^™ 3' Conjugate Antibody Cocktail，您可以完全信赖您的实验结果

CST 科学家对所有 InTraSeq 抗体和试剂进行了严格验证和优化，以确保提供一致的高质量结果。InTraSeq^™ 3' Conjugate Antibody Cocktail 的配方使得所有包含的抗体和试剂都达到最佳浓度并可直接用于您的实验。InTraSeq 消除了不确定性，使科学家无需进行耗时的优化实验即可收集可靠的数据。

InTraSeq 单细胞分析产品

在下面找到用于您工作流程的正确解决方案。

InTraSeq^™ 3' Conjugate Antibody Cocktail

每种 InTraSeq^™ 3' Conjugate Antibody Cocktail 均含有针对常见信号转导通路中发现的蛋白质的一抗混合物。经过特别配制，便于混合和搭配，打造您所需的较大混合物。所有这些混合物均对人和小鼠样品都具有反应性。

• InTraSeq^™ 3’ Conjugate Antibody Cocktail 1：31 种一抗

• InTraSeq^™ 3’ Conjugate Antibody Cocktail 2：32 种一抗

• InTraSeq™ 3’ Conjugate Antibody Cocktail 3：32 种一抗

技术支持

访问技术支持页面，搜索与 InTraSeq 单细胞分析相关的疑难解答信息、技术问题的解决方案，以及联系我们的方式。

^{Cell Signaling Technology、CST 和 InTraSeq 均是 Cell Signaling Technology, Inc. 的商标。保留所有权利。10x Genomics、10x、Feature Barcode 和 Chromium 是 10x Genomics, Inc. 的商标或注册商标。Alexa Fluor 是 Life Technologies Corporation 的注册商标。所有其他商标均为各自所有者专有。访问 cellsignal.cn/trademarks，了解更多信息。}

^{受 10x Genomics, Inc. 许可的专利约束，可用于单细胞（即 Chromium）10x 产品。}