CST CUT&RUN 试剂盒：验证灵活性

同样的试剂盒， 但更加灵活

使用核酸酶靶向切割和释放 (CUT&RUN)的检测方法是 ChIP-qPCR 和 ChIP-seq 的更快、更具成本效益的替代方案，用于研究蛋白质-DNA 相互作用时所需细胞数量更少。Cell Signaling Technology^® (CST^®) 通过执行额外的验证和优化来改进实验步骤，使 CUT&RUN 试剂盒 变得更加出色，从而为您如何探索蛋白质-DNA 相互作用提供更多选择。

新的扩大的获益

CUT&RUN 是一种体内方法，可在 1-2 天内提供结果，降低测序成本，并与多种抗体和靶标兼容。CUT&RUN 检测试剂盒现在提供以下额外优势以提高检测的灵活性：

使用改进的实验步骤获得更好的数据

CUT&RUN 实验步骤的持续开发进一步优化了实验步骤以增强您的数据并验证了 CUT&RUN 检测试剂盒可用于更广泛的样本类型。例如，我们现在建议在 4°C 而不是 0°C 下进行消化，以促进目标染色质片段的回收，而不会显著增加背景。这改进了 qPCR 和 NG-seq 分析，特别是对于转录因子和辅因子

小组 A

小组 B

使用 CUT&RUN Assay Kit #86652，用 NCCIT 细胞和 SUZ12 (D39F6) XP® Rabbit mAb #3737 进行 CUT&RUN 分析。按照指示在 0°C 或 4°C 下消化 DNA。在小组 A，使用 SimpleChIP^® Human HoxA1 Intron 1 Primers #7707、SimpleChIP^® Human HoxA2 Promoter Primers #5517 和 SimpleChIP^® Human α Satellite Repeat Primers #4486，通过实时 PCR 对富集的 DNA 进行定量。将每份样品中免疫沉淀的 DNA 的量表现为相对于所输入染色质总量（等于 1）的信号。在小组 B，使用 DNA Library Prep Kit for Illumina (ChIP-seq, CUT&RUN) #56795 制备 DNA 库。该图显示在 HoxA 基因内结合。

通过使用少 5-20 倍的样品来节省时间

与 ChIP-qPCR 和 ChIP-seq 相比，CUT&RUN 已经需要明显更少的细胞来生成可靠的数据，而 CST 通过优化实验步骤以使用更少的样本进一步增加了您的时间节省。

无法收集 100000 细胞，但仍想执行 CUT&RUN？ 没问题，因为您只需 5-20000 单元格即可生成同样出色的数据。

组蛋白

在研究组蛋白时，在 CUT&RUN Assay Kit #86652 上使用 100,000、10,000 或 5,000 个细胞时观察到类似的结合模式。

小组 A

小组 B

使用 CUT&RUN Assay Kit #86652 在细胞数目渐减下进行 CUT&RUN 测定。在小组 A，使用 100,000、10,000 或 5,000 个 HCT 116 细胞和 Tri-Methyl-Histone H3 (Lys4) (C42D8) Rabbit mAb #9751。使用 DNA Library Prep Kit for Illumina (ChIP-seq, CUT&RUN) #56795 制备 DNA 文库。各图显示在染色体 12 上的结合情况（上图），包括 H3K4me3 的已知靶标基因 GAPDH（下图）。在小组 B 中，使用 100,000、10,000 或 5,000 个 Hela 细胞（按指示）和 Tri-Methyl-Histone H3 (Lys27) (C36B11) Rabbit mAb #9733 进行 CUT&RUN 测定。使用 DNA Library Prep Kit for Illumina (ChIP-seq, CUT&RUN) #56795 制备 DNA 文库。结果图显示在染色体 20 上的结合情况（上图），包括 H3K27me3 的已知靶标基因 MYT1（下图）。

转录因子

当研究转录因子时，在 CUT&RUN Assay Kit #86652 上使用 100,000、20,000 或 10,000 个细胞观察到相似的结合模式。

小组 A

小组 B

使用 CUT&RUN Assay Kit #86652 在细胞数目渐减下进行 CUT&RUN 测定。在小组 A，使用饥饿过夜且经过 Human β-Nerve Growth Factor (hβ-NGF) #5221 (50 ng/ml) 处理 2 小时的 100,000、20,000 或 10,000 个 PC-12 细胞和 Phospho-c-Jun (Ser73) (D47G9) XP^® Rabbit mAb #3270 进行 CUT&RUN。使用 DNA Library Prep Kit for Illumina (ChIP-seq, CUT&RUN) #56795 制备 DNA 文库。结果图显示了在染色体 2 上的结合情况（上图），包括磷酸化 c-Jun 靶标基因 Dclk1（下图）。在小组 B 中，使用 100,000、20,000 或 10,000 个 HCT 116 细胞和 TCF4/TCF7L2 (C48H11) Rabbit mAb #2569 进行 CUT&RUN 测定。使用 DNA Library Prep Kit for Illumina (ChIP-seq, CUT&RUN) #56795 制备 DNA 文库。结果图显示在染色体 8 上的结合情况（上图），包括 TCF4 的已知靶标基因 MYC（下图）。

辅因子

当研究辅因子时，在 CUT&RUN Assay Kit #86652 上使用 100,000、20,000 或 10,000 个细胞观察到相似的结合模式。

使用 CUT&RUN Assay Kit #86652，用 100,000、20,000 或 10,000 个 NCCIT 细胞和 SUZ12 (D39F6) XP^® Rabbit mAb #3737 进行 CUT&RUN 测定。使用 DNA Library Prep Kit for Illumina (ChIP-seq, CUT&RUN) #56795 制备 DNA 文库。该图显示了跨 HoxD（上图）和 HoxA（下图）（SUZ12 的已知靶基因）的结合。

自信地研究组织样本中的蛋白质-DNA 相互作用

当涉及在有限的样本类型（如组织）中分析染色质时，执行 ChIP 实验所需的高样本输入是极其严格的。CUT&RUN 为培养细胞提供的样品节省扩展到组织样品。根据组织类型的不同，ChIP 实验可能需要 25 至 50 mg 的组织，而我们的 CUT&RUN 试剂盒目前仅需约 1 至 2.5 mg 组织（具体用量依组织类型而定）。

在使用 CST CUT&RUN Assay Kit #86652 探索蛋白质-DNA 相互作用时，即使使用少约 20 倍的样品，经过验证的实验步骤也能让您对数据充满信心。

心脏组织 - 组蛋白和转录因子

使用我们的 CUT&RUN Kit 分析 H3K4me3 和转录因子 MITF 的蛋白质-DNA 相互作用只需要 1 mg 心脏组织。

使用 CUT&RUN Assay Kit #86652，用 1 mg 轻度固定的小鼠心脏组织（0.1% 甲醛，2 分钟）和 Tri-Methyl-Histone H3 (Lys4) (C42D8) Rabbit mAb #9751 或 MITF (D3B4T) Rabbit mAb #97800 进行 CUT&RUN 分析。使用 DNA Library Prep Kit for Illumina (ChIP-seq, CUT&RUN) #56795 制备 DNA 文库。该图显示在染色体 19（上图）上 H3K4me3 和 MITF 的结合，包括 Ifit2 基因（下图）。

脑组织 - 组蛋白和转录因子

使用我们的 CUT&RUN Kit 分析 H3K4me3 和转录因子 Brn2/POU3F2 的蛋白质-DNA 相互作用只需要 1 mg 脑组织。

使用 CUT&RUN Assay Kit #86652，用 1 mg 轻度固定的小鼠脑组织（0.1% 甲醛，2 分钟）和 Tri-Methyl-Histone H3 (Lys4) (C42D8) Rabbit mAb #9751 或 Brn2/POU3F2 (D2C1L) Rabbit mAb #12137 进行 CUT&RUN 分析。使用 DNA Library Prep Kit for Illumina (ChIP-seq, CUT&RUN) #56795 制备 DNA 文库。结果图显示在染色体 6（上图）上 H3K4me3 和 Brn2 的结合，包括 Snrpg 基因（下图）。

肝组织 – 组蛋白和转录因子

使用我们的 CUT&RUN Kit 分析 H3K4me3 和糖皮质激素受体转录因子的蛋白质-DNA 相互作用只需要 1 mg 肝组织。

使用 CUT&RUN 测定试剂盒 CUT&RUN Assay Kit #86652，用仅 1 mg 中度固定的小鼠肝组织（0.1% 甲醛，10 分钟）和 Tri-Methyl-Histone H3 (Lys4) (C42D8) Rabbit mAb #9751 或 Glucocorticoid Receptor (D6H2L) XP^® Rabbit mAb #12041 进行 CUT&RUN 分析。使用 DNA Library Prep Kit for Illumina (ChIP-seq, CUT&RUN) #56795 制备 DNA 文库。该图显示了染色体 8（上图）上的 H3K4me3 和糖皮质激素受体结合，包括 Mt2 基因（下图）。

肝组织 – 辅因子

使用我们的 CUT&RUN 试剂盒分析辅因子 SUZ12 和 RING1B 的蛋白质-DNA 相互作用仅需要 2.5 mg 肝组织。

使用 CUT&RUN Assay Kit #86652，用 2.5 mg 中度固定的小鼠肝组织（0.1% 甲醛，10 分钟）和 SUZ12 (D39F6) XP^® Rabbit mAb #3737 或 RING1B (D22F2) XP^® Rabbit mAb #5694 进行 CUT&RUN 分析。使用 DNA Library Prep Kit for Illumina (ChIP-seq, CUT&RUN) #56795 制备 DNA 文库。该图显示了 SUZ12 和 RING1B 跨 HoxA（上图）和 HoxD（下图）基因区域的结合。

在原代细胞中分析染色质

在进行 CUT&RUN 分析之前，由于试图培养足够多的细胞所涉及的挑战，使用 ChIP 分析原代细胞中的蛋白质-DNA 相互作用几乎是不可能的。

CUT&RUN Assay Kit #86652 显著降低了细胞数量要求，使研究原代细胞中的蛋白质-DNA 相互作用成为可能。不要仅仅为了满足细胞数量要求而妥协您想要的样品类型。

使用 CUT&RUN Assay Kit #86652，用 100,000 个活性人 CD8+ T 细胞和 Tri-Methyl-Histone H3 (Lys4) (C42D8) Rabbit mAb #9751 或 CTCF (D31H2) XP^® Rabbit mAb #3418 进行 CUT&RUN 分析。使用 DNA Library Prep Kit for Illumina (ChIP-seq, CUT&RUN) #56795 制备 DNA 文库。上图显示在染色体 8 上的结合情况，而下图显示 MYC 基因（H3K4me3 和 CTCF 的已知靶标）周围的富集。请参阅 #3418 说明书中包含 CUT&RUN-qPCR 数据的其他结果图。

产品选项

CST 以套件或单件形式提供 CUT&RUN 试剂，因此您可以订购一个套件以获得所有必需的试剂或仅订购您需要的试剂。它们都经过内部验证，以确保您从 CST 获得高质量的试剂。