经 ChIP-seq 验证的抗体

一次成功的 ChIP-seq 实验需要一种能在全基因组所有序列环境下检测出正确靶蛋白的抗体。抗体在 ChIP-qPCR 中的良好性能不一定就意味着抗体用于 ChIP-seq 的性能也好，因为 ChIP-seq 需要在大量基因位点捕获到更多靶蛋白。为提供经 ChIP-seq 验证有效的抗体，CST 使用 SimpleChIP® 酶解和 SimpleChIP® 超声处理染色质免疫沉淀实验步骤，随后使用下一代测序分析 (NGS) 来对重组兔单克隆抗体进行 ChIP-seq 验证。

ChIP-seq 抗体验证步骤

• 所有经 ChIP-seq 验证的抗体首先均符合 ChIP-qPCR 验证实验步骤。
• 随后在抗体与输入对照比较中，通过分析基因组中靶标富集的信噪比，来确认抗体对 ChIP-seq 的敏感性。与输入染色质相比，抗体必须有一个可接受的最低明确富集峰数，以及一个最小的信噪比阈值。
• 对于序列特异性 DNA 结合转录因子，对富集的染色质片段进行基序分析来确定抗体特异性。
• 使用针对不同靶蛋白表位的多种抗体来比较在基因组内的富集情况，从而进一步确定抗体特异性。
• 使用针对某个多蛋白复合体的不同亚基的抗体来确定抗体特异性。
• 使用某一给定靶蛋白的额外抗体，将基因组内的富集情况与发表的 ChIP-seq 数据（即 ENCODE）进行比较，以进一步确认抗体特异性。